Ves vznikla pravděpodobně před polovinou 13. století. Původně snad nesla jméno Heinrichow (tedy Jindřichov), později je označována za Klášterec a pak Lhotu Klášterskou. Prolínalo se zde starší české a novější německé kolonizační obyvatelstvo. Nejstarší historie obce je spojena s kláštercem zvaným Vrchlabské proboštství, který nedaleko dnešní obce směrem k Hostinnému založili před r. 1250 opatovičtí benediktini. Ke kmenovému majetku proboštství patřily vedle naší obce Kunčice, Slemeno a obě Ždírnice. Proboštství nebylo bohaté a benediktinům se v pohraničních lesích příliš nedařilo. Klášterec upadal. Roku 1348 však učinil opat Neplach nepořádkům konec. Probošt zde měl vydržovat stále 7 bratří a neměl bez povolení opouštět proboštství. Hospodářství se následně zlepšilo a proboštství mohlo přikoupit r. 1372 respektive r. 1381 vsi Kalnou a Čistou. Ve víru husitské revoluce Vrchlabské proboštství zaniklo. Pravděpodobně se tak stalo již roku 1421 přičiněním bratří Krušinů z Lichtemburka. Ačkoli starší tradice uvádí rok 1424 a za viníka označuje Žižku. Majetky zaniklého klášterce, včetně Klášterské Lhoty, získává jako zástavu r. 1436 Hynek Krušina z Lichtemburka. Roku 1466 přebírají zástavní právo bratři Hynek a Jindřich z Valdštejna. Vesnice tak připadla nadlouho k panství Štěpanickému, později se sídlem v Horní Branné. Roku 1701 pak došlo ke spojení Branského a Jilemnického panství. Součástí tohoto panství byla Klášterská Lhota až do zrušení patrimoniální správy.
Lhota nebyla nikdy velkou obcí, hlavním zdrojem obživy místních obyvatel bylo zpočátku nepříliš výnosné podhorské zemědělství. Od poloviny 17. století se však v obci, stejně jako v celém okolí, rozvíjí textilní výroba. Tkalcovstvím si pak přivydělávala velká část místních obyvatel. Ještě v polovici 17. století byla dobrá polovice místních obyvatel českého původu. V malé obci probíhá asimilace rychleji a dokonaleji. V 19. století již měla Klášterská Lhota, tehdy Mönchsdorf, takřka čistě německý charakter. Průmyslová revoluce 19. století se dotkla obce jen zprostředkovaně. S industrializací textilní výroby po polovině 19. století v obci zaniklo domácí tkalcovství. Za prací tak chodili místní do blízkých továren v Prosečném a Hostinném. Jediným průmyslovým podnikem v obci byla brusírna dřeva papírenské firmy Labský mlýn, na kterou byl přestavěn místní mlýn r. 1870.
Školní vyučování máme v obci doloženo nejpozději k roku 1791, vlastní budovu však škola získala až r. 1869, velikostně odpovídající pak r. 1887. Konec 19. století je spjat s bohatou spolkovou činností v tehdy cca pětisethlavé obci. Vedle hospodářské pokladny vznikla pobočka tělocvičného Turnvereinu, r. 1893 pak sbor dobrovolných hasičů a r. 1909 pobočka nacionálního Spolku Němců v Čechách. Do doby společenského rozkvětu obce na přelomu 19. a 20. století spadá i přestavba místní kaple. Její zděná část byla postavena jako drobná kaplička již r. 1825. V letech 1905 – 6 však byla rozšířena o dřevěnou hrázděnou přístavbu lodě. První půle dvacátého století s sebou přinesla překotné změny ale i mnohá utrpení. Vše vyvrcholilo ve dvou světových válkách. Po té druhé následoval odsun místního německého obyvatelstva.
Noví čeští obyvatelé přicházeli z různých míst blízkého i vzdálenějšího okolí. Početnější skupinu tvořili jen přistěhovalci ze sousední české Kalné a váleční čeští dělníci místní brusírny dřeva z okolí Lázní Bělohradu. Poválečné dějiny Klášterské Lhoty jsou typické pro malou podhorskou obec. Složité budování JZD, které se posléze spojilo se sousedním větším v Prosečném. Tlaky na přičlenění obce k některému většímu sousednímu sídlu, oprava školy a zřízení školky, které byly posléze pro malý počet dětí zavřeny. Velkými akcemi 80. a 90. let bylo budování místní prodejny, kabelové televize a nového pouličního osvětlení. Ačkoli počat obyvatel postupně klesl na cca 200, věříme, že má Klášterská Lhota před sebou ještě příjemnou budoucnost klidné čisté obce pod svahy Krkonoš.
Příloha ke kronice - Bramborová válka r. 1778